Суб’єкти насінництва та розсадництва, відповідно до ст. 13 Закону України «Про насіння і садивний матеріал» зобов’язані здійснювати внутрішньогосподарський контроль за виробництвом та обігом насіння і садивного матеріалу. Основне завдання внутрішньогосподарського контролю в осінньо-зимовий період це забезпечити повне зберігання сухого насіння від псування і засміченості іншими культурами і сортами. Для цього складають план розміщення насіння в насіннєсховищах.
Відповідно до ДСТУ 2240-93 сховища повинні бути критими та сухими, знезараженими від комірних шкідників. Мішки зберігають при вологості насіння, яка не перевищує стандартну, на настилах або піддонах, віддалених від підлоги не менше ніж на 15 см, а від стіни – 70 см. Розміри штабелів та відстань між ними повинні сприяти відбору проб насіння з будь-якого місця і проведенню технологічних операцій. У сховищі, біля входу, прикріпляють карту розміщення й пересування партій.

При зберіганні насіння насипом висота бурту не повинна перевищувати: для олійних – 1,5 м, інших культур – 2 м. У складських приміщеннях з активною вентиляцією висота бурту насіння зернових культур допускається до 3 м.  Слід уникати розміщення в сусідніх засіках насіння важковідокремлюваних культур (жито і пшениця, ячмінь і овес).

Усі партії добазового та базового насіння незалежно від призначення, а також партії сертифікованого насіння першої генерації, призначені для реалізації підлягають обов’язковому пакуванню та маркуванню.

Слід також зазначити, що упаковки повинні забезпечувати надійну цілісність їх вмісту під час зберігання і транспортування та унеможливлювати зміну їх вмісту після закриття упаковок.

Маркування партій насіння згідно до «Порядку маркування та пакування партій насіння» покладено на суб’єктів насінництва та розсадництва, і здійснюється ними в процесі доробки та пакування насіння.

Графік внутрішньогосподарського контролю складається з таким розрахунком, щоб до сівби або реалізації насіння мати свіжі дані про його якість. Нагадуємо що для відображення етапів виробництва від посіву до збирання врожаю, суб’єктом господарювання повинна вестись «Шнурова книга обліку насіння». Для кожної культури в Шнурові книзі виділяють окремі сторінки і записи ведуть по кожному сорту окремо. За правильність і своєчасність ведення Шнурової книги відповідає агроном з насінництва та головний агроном суб’єкта господарювання. Всі сторінки цієї Шнурової книги нумеруються, прошиваються і скріплюються печаткою. Відомості в Шнуровій книзі про кількість висіяного насіння а також про його надходження мають співпадати з даними бухгалтерського обліку, а саме, з Актами витрати насіння і садивного матеріалу, відповідно до форми №ВЗСГ-4 (Додаток 4 до Методичних рекомендацій щодо застосування спеціалізованих форм первинних документів з обліку виробничих запасів в сільськогосподарських підприємствах, затверджених наказом Мінагрополітики України від 21.12.2007р.№ 929). Основними документами для запису даних про кількість та якість насіння, є Сертифікати, що засвідчують посівні якості насіння, «Атестати на насіння», «Свідоцтва на насіння». Вся насінницька документація повинна вестись і зберігатися так само, як і документи бухгалтерської звітності. Внутрішньогосподарський контроль необхідно проводити  на всіх етапах доробки насіння. Він здійснюється керівниками господарств, агрономічним персоналом фермерами та іншими суб’єктами, які вирощують або вводять в обіг насіння. Підприємство зобов’язане гарантувати відповідність насіння і садивного матеріалу, що підлягає реалізації, сортовим і посівним (товарним) якостям, зазначеним у сертифікатах на насіння і садивний матеріал.