Університет створюється шляхом злиття Національного університету державної податкової служби України, Державного науково-дослідного інституту митної справи, Науково-дослідного інституту фінансового права.

Новоутворенний ВУЗ переходить до сфери управління ДФС. Подальша реорганізація зазначених установ і закладу здійснюється в межах бюджетних асигнувань, передбачених ДФС.

Згідно з розпорядженням ДФС має протягом двомісячного строку затвердити статут, структуру та штатний розпис новоутвореного вищого навчального закладу та здійснити необхідні заходи для його матеріально-технічного та кадрового забезпечення.

Студенти Національного університету державної податкової служби України продовжують навчання в Університеті ДФС.